В Новосибирске создана программа в области биоинформатики

В Новосибирске создана программа в области биоинформатики

Ученые из Академгородка презентовали программный пакет, помогающий определить, как на генетическом уровне живые организмы реагируют на внешние или внутренние изменения.
 
Биоинформатики из Новосибирского государственного университета разработали программу, которая показывает, как гены живых организмов реагируют на холод, жару, обезвоживание, либо стресс.
 
Пакет программ под названием metaRE написан на языке программирования R, рассказали в пресс-службе НГУ. Программа анализирует биологические данные:

«Она находит те последовательности некодирующей ДНК, которые отвечают за «старт» считывания генетической информации при внешнем или внутреннем изменении в организме и последующий синтез белка. А значит, и за дальнейшую реакцию живого существа на уровне всего организма».

 
Статья о результатах работы новосибирских ученых опубликована в журнале Genes.
 
«Это исследование актуально, так как накопилось большое количество транскриптомных данных, или данных об активности генов, что позволяет проводить их системный анализ. Разработанный нами пакет программ реализует новый подход к поиску потенциальных регуляторных последовательностей по данным об активности генов, полученным в отдельных экспериментах. Поиск потенциальных регуляторных последовательностей является актуальной задачей в исследовании разных организмов и расширяет фундаментальные знания о функционировании генов, а следовательно, и об их фенотипическом проявлении. Например, если «поломать»  регуляторную последовательность, ген начнет работать неправильно и у растения может быть нарушено развитие органов и нормальное течение жизненно важных процессов», — объяснила старший научный сотрудник лаборатории компьютерной транскриптоники и эволюционной биоинформатики факультета естественных наук Виктория Миронова.

 
После тестирования программы ее разработчики отыскали последовательности ДНК, являющиеся регуляторами ответа на холод. В качестве модельных организмов использовалось растение резуховидка Таля (Arabidopsis thaliana) и рыбка Данио (Danio rerio).
 
И у растения, и у рыбки обнаружилось совпадение регуляторных элементов. Ученые сделали вывод: механизм реакции на холод настолько важный и древний, что у организмов сохранились одни и те же регуляторные последовательности. 
 
При любых внутренних и внешних изменениях запускается сложная цепочка реакций. В клетках организма происходит активация несколько сигнальных путей. Если детально выяснить принцип работы того или иного пути, это может помочь изменить или подкорректировать путь.
 
Ранее МедикФорум рассказал о поступлении в Новосибирскую области 19 новых машин скорой помощи.